Der Marinestützpunkt ist traditioneller Standort für die schwimmenden Einheiten der Bundeswehr in Wilhelmshaven. Auf einer Pierlänge von über vier Kilometern sind hier auch heute noch Fregatten und Versorger der Deutschen Marine stationiert und warten auf 38 schleusenunabhängigen Liegeplätzen auf ihren weltweiten Einsatz.

Auch eine Tauchergruppe zählt zu den in Wilhelmshaven stationierten Marinesoldaten.
Das Marinearsenal ist die Instandsetzungswerft der Bundesmarine. Es befindet sich im Bereich des Binnenhafens und kann von den Marineeinheiten über den Neuen Vorhafen und die Seeschleuse erreicht werden.

Weitere Dienststellen der Bundeswehr am Standort Wilhelmshaven sind zum Beispiel das Logistikzentrum der Bundeswehr, ein Sanitätszentrum oder das Wehrwissenschaftliche Institut für Materialuntersuchung. Die Seeschleuse ist die größte in Deutschland.